SHD katalitik triadın her bir üyesinin rolleri nelerdir? Mekanizma nasıl çalışır?

SHD KATALİTİK TRİAD

SHD katalitik triadadından da anlaşılacağı gibi, tek harfli kodları sırasıyla S, H ve D olan amino asitlerden (AA) serin, histidin ve aspartattan oluşur.

Bu tür bir triad, örneğin enzim içinde bulunur tripsinpankreasta bulunabilen ilk önce etkin olmayan bir öncül olarak sentezlenir (bu yüzden işini gerekli olana kadar yapmaz).

TRYPSIN KESİM ÖZEL PEPTİT BONLAR

Tripsin ile ilgili fikir, söz konusu peptid bağının belirli bir takip ettiği spesifik peptit bağlarını hidrolize etmesi gerektiğidir. # R # AA dizisindeki grup büyük ve # Mathbf (("+")) #. Bu bir örnek ücret tamamlayıcılık.

Vurgulanan bağ, vurgulanmış olanı bulduktan sonra enzimatik aktivite sırasında hidrolize olan peptid bağıdır. # R # grubudur.

AMINO ASİT ROLLER

serin Bu üçlekte bir harika olur nükleofil, bir proton olması için değilse. Korumasız kalması gerçekten yardımcı olurdu. Bunu başarmak için, etkisinin bir şeyini başarmamız gerekiyor. serin pKa'yı düşürmek Böylece protonunu bağışlamak istiyor.

histidin olmak, arzu edilen bir çözüm haline aktivatör serin için. Histidine'ın pKa'sı 6.04 olduğundan ve nötr serin pKa'sının 15.9'u olduğu için, bunun gerçekleşmesi tek başına mümkün değildir.

Ancak, aspartat yaklaşık 3.90 pKa'ya ve hidrofilik bir bileşik olarak negatif bir yüke sahip olması, hem histidin hem de aspartatın H-bağlanma etkileşimi oluşturması için bir asit olmak istemektedir.

Aspartate'in histidine protonuna olan arzusu, histidine pKa'yı yükselt sağ üst protonunu korumak, dengelemek pKa, histidin ve serin arasındaki fark olup, H-bağlanma etkileşimi oluşturmak üzere serinin dışa vurulmasını teşvik eder.

Ek bir bonus olarak, ayrıca aspartat yönlendirir ve histidin, serbestçe dönen metilen köprüsünün yerinde kalmasını sağlar. Güzel!

Birlikte, bunlar, örneğin, diğer proteinlerin spesifik peptit bağlarının hidrolizini / bölünmesini katalize etmek için tripsin içindeki bu çalışmalar.

BUN MEKANİZMASI NEDİR?

İşte bu büyük şema:

1. Histidin, serinletici bir proton çalıp onu aktive eder.
2. Serin şimdi, bir tetrahedral kompleksin bağlanmasıyla karbonil karbona saldırabilir.
3. Kompleks bir omurga ile stabilize edilir # "NH" # yakındaki bir glisinden, aynı serininki gibi. Histidin aspartat tarafından yönlendirilir. Tetrahedral kompleks, peptid bağını ve sonuçta ortaya çıkan parçayı parçalamak için çöker. # "NH" # histidinden uzakta bir proton çaldı.
4. Histidin, pKa'sı hala yükseltildiğinde (daha zayıf bir asit yapar) aspartat ile stabilize edildikten sonra, sudan bir proton alabilir.
5. Hidroksit, ikinci bir nükleofilik atak için karbonil karbona saldırabilen büyük bir nükleofildir.
6. Tetrahedral kompleks, yine omurga tarafından dengelenmiş # "NH" # glisin ve aynı serin üzerinde daha sonra çökebilir, serin çıkar ve bir proton histidinden daha önce olduğu gibi çekilir.
7. Bir peptid bağının hidrolizinin bir sonucu olan bir karboksilik asit ile sona ereriz.